在Ubuntu上干净的配置Bioconductor

这个只是因为洁癖,稍微折腾了一下。

全新的Ubuntu Server CLI最小安装,除了OpenSSH Server什么都不要装的情况下。只需要安装极少的依赖包,就能跑Bioconductor的基础功能了。

需要安装的Ubuntu包

r-base-core; r-cran-rcurl; r-cran-xml; gfortune;

需要预先安装的库:lapck; blas; zlib,都要用devel版本

然后装r-studio server,远程用FF开8787,应该就能登陆r-studio了。

最后才能在R里面

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite()
biocLite(“affycoretools”)

特别注意的是,不要装ubuntu的r-bioc-*的任何玩意。

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