调整VirtualBox虚拟机里的ubuntu的磁盘大小

这个本来没啥技术含量,不过初次折腾的话,还是会需要一些技巧。这个适用于VirtualBox 4.3版本。

首先是搞明白你的虚拟机所挂载虚拟盘的文件名,然后记下来。

然后开个命令行窗口运行

vboxmanage.exe modifyhd <your_disk_file_name> –resize <new_size>

然后就是需要,注意一定要用GParted的Live-CD镜像启动。然后调整root分区的大小,在然后就是重启一下,看看能不能启动起来,由于还是存在一定的风险会无法启动,所以在做所有操作之前,一定要记得做好备份。[……]

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在Ubuntu上干净的配置Bioconductor

这个只是因为洁癖,稍微折腾了一下。

全新的Ubuntu Server CLI最小安装,除了OpenSSH Server什么都不要装的情况下。只需要安装极少的依赖包,就能跑Bioconductor的基础功能了。

需要安装的Ubuntu包

r-base-core; r-cran-rcurl; r-cran-xml; gfortune;

需要预先安装的库:lapck; blas; zlib,都要用devel版本

然后装r-studio server,远程用FF开8787,应该就能登陆r-studio了。

最后才能在R里面

source(“http[......]

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Cygwin/X和Ubuntu的图形加速

今天为了这个事情抓狂了,因为必须要在虚拟机里的Ubuntu里用一个图形程序了,并且我还非常固执的要用Cygwin/X来做显示。经过一番测试,最后结果是这样的,图形渲染效率确实比以前好了很多,可以在这个环境里面正常的用acroread看paper了,也可以用opera看facebook了。但是比实际的机器,还是要逊色很多,不过为了双系统融合的工作环境,也只能暂时先凑合一下了。

具体的配置是:在Cygwin/X的这端,手工要求开启wgl和DirectDraw加速。

XWin.exe -ac -wgl -engine 4 -notrayicon -multiwindow -clipb[......]

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关于某个从清华退学的博士生

本来,这个Blog是不打算涉及这样的话题的,因为这本来是个技术与技术评论的Blog。然而,今天闲来无事,趁着Easter假期刚刚结束,还没有精神饱满的继续玩科研,去看了看某个很著名的从清华退学的学生。至于具体的姓名,不说也罢,很多人大约都是因为他的退学和他关于Linux和开源的一些文章而认识他的。我们在这里,就叫他W君吧。

这个W君,从清华退学后,虽然去了Conell,但是最后还是和博士学位说了再见。看到这里,我是的确像要写点什么了。

不得不说的是,这个W君人是很聪明的,并且直到现在为止,W君所具有的知识和技术实力,大约都不会令他的生活水平因为跟博士学位说了再见而收到影响。虽然本人[……]

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解析DrugBank的XML格式数据文件

DrugBank的4.0版本目前只提供了XML格式的数据供下载,以及还提供了一个XSD格式的XML Schema文件,如何有效的解析这样格式的数据,实际上是一个不大不小的问题。其中的一个关键是,究竟如何能够从XML格式的数据文件中提取我们感兴趣的数据。

经过若干的尝试之后,似乎只有继续使用C#来编写程序能够有效的解决这一问题。然而,这个事情确实不是这样直接的。

将XSD文件转化成C#能够使用的数据类文件,这是一个我们早就讨论过的问题:

XSD.EXE /C drugbank.xsd

这样的确能够得到一个drugbank.cs文件,但是如果就此把这个文件加入一个C[……]

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